公司注册好后怎样办理进出口权,办理进出口权是一个很麻烦的事，程序比较繁琐，最好请一家注册代理机构进行注册申请。

一般在上海地区办理进出口权流程流程如下：

1、办理对外贸易经营者备案登记：首先要到网站进行填写公司资料，提交到对外贸易委员会网站，然后再把填写的资料打印出来，提交到对外贸易委员会大厅进行备案，一般这个流程需要5个工作日，然后领取对外贸易经营者备案登记表，这个时候就备案成功。

2、办理海关备案：到所管辖的海关进行注册登记，先到网上把所需要的资料下载填写好然后进行提交。

3、如果是做食品进出口还需要办理一下备案：注册公司过程还要办理食品流通许可证

 根据国家质检总局《关于发布<进口食品进出口商备案管理规定>及<食品进口记录和销售记录管理规定>的公告》（2012 年第55号）（附件一）要求，请进口食品企业（一般指与外方签订进口食品外贸合同的境内买方企业）按照以下要求完成备案申请工作：
    一、上海出入境检验检疫局负责受理工商注册登记地为上海的进口食品收货人（以下简称收货人）的备案申请。申请企业应对所提供的信息的真实性负责。工商注册登记地非上海的收货人，应当向其工商登记地检验检疫机构申请备案。
    二、收货人应当在食品进口前完成备案工作，申请备案须提供以下纸质材料（每份材料都需加盖企业公章）：
    ㈠填制准确完备的收货人备案申请表（附件二）；
    ㈡工商营业执照、组织机构代码证书、法定代表人身份证明、对外贸易经营者备案登记表等的复印件并交验正本；
    ㈢企业质量安全管理制度；
    ㈣与食品安全相关的组织机构设置、部门职能和岗位职责；
    ㈤拟经营的食品种类、存放地点（需提供仓库名称、地址、联系人、联系方式等信息，格式可参考附件三。如为租赁仓库，则须同时提供租赁合同复印件、仓储企业营业执照或食品流通许可证、备案仓库备案凭证等食品存储资质证明复印件）；
    ㈥2年内曾从事食品进口、加工和销售的，应当提供相关说明（食品品种、数量）；
    ㈦自理报检的，应当提供自理报检单位备案登记证明书复印件并交验正本。
    三、收货人在提供上述纸质文件材料的同时，应当通过国家质检总局备案管理系统填写并提交备案申请表（登陆网址：http://ire.eciq.cn，用 户手册可在该网页下方下载），须按要求如实填写相关信息。提交备案信息后，获得系统生成的申请号和查询编号，凭申请号和查询编号查询备案进程或者修改备案 信息。
    四、收货人提交的备案资料及电子信息经上海出入境检验检疫局核实通过后，准予受理备案并提交国家质检总局审核。国家质检总局审核通过后，发放备案编号，企 业可通过申请号及查询号在备案管理系统中查询申请状态。备案管理系统生成备案收货人名单，并在国家质检总局网站公布。
    五、收货人名称、地址、电话等信息发生变化时，应当及时通过备案管理系统提出修改申请，经审核同意后，予以修改。
    六、上海出入境检验检疫局负责对辖区内已获得备案的进口食品进出口商备案信息实施监督抽查。备案信息不符合要求的收货人，应当及时更正、完善。未按要求及时完成更正、完善工作的，有关信息将录入进出口食品生产经营企业不良信誉记录。
    七、2012年10月1日以后进口食品收货人或其代理人在报检时，应当在报检单中的“合同订立的特殊条款以及其他要求”一栏中注明进口食品进出口商名称及备案编号。
    八、自2009年起依照上海检验检疫局相关要求已办理“上海口岸进口食品收货人备案”的企业，备案资格及相关信息在上海口岸范围内依然有效（有效期截止时 间另行通知）。但企业应尽快根据本通知要求完成国家质检总局进出口商备案工作。仅取得“上海口岸进口食品收货人备案”的企业如要在其他口岸进口食品则必须 依照国家质检总局2012年55号公告要求办理备案等事项。
    九、请各相关企业严格按照国家质检总局2012年第55号公告及本通知要求完成收货人备案工作。同时，企业应根据公告中《食品进口记录和销售记录管理规定》及上海局《食品进口商登记保存入境食品进口、销售记录须知》的要求做好食品进口、销售记录工作。
    十、请各相关企业通知、协助国外企业按照国家质检总局2012年第55号公告要求通过备案管理系统完成境外出口商或代理商备案工作。

4、办理退免税登记手续：到所注册的税务所进行退税处理。

5、办理外汇管理登记手续: 到外汇管理局进行备案，然后到银行去开外币账户。

6、办理海关电子口岸登记手续：办理好电子口岸登记后要操作员亲自去办理一个操作员卡